中国南方航空 - 灾难事故
截至2010年底，中国南方航空集团公司已累计安全飞行772万小时，连续保持了134个月的飞行安全，创中国民用航空史上最好安全记录[46]。而此前南航亦发生过若干起灾难及事故：
1990年10月2日： 南方航空一架波音757-200客机（B-2812），准备由广州白云机场起飞前往上海。由于当时白云机场上空一架厦门航空波音737-300客机（B-2510）遭到劫持，并要求降落，白云机场因而紧急关闭，即时停止所有航班升降，静待事件的发展。此时南航当事的B757已上满乘客并在停机坪处等候机场重开跑道，当被劫持的厦门航空B737降落时，厦门航空的B737于跑道滑行时突然转入停机坪位置，并即时加速试图再起飞，惟此时厦门航空的B737右方机翼已撞及等待起飞的南航B757客机油厢，并引发巨大爆炸，南航B757事后断开两节，厦门航空B737-300爆炸后解体，同时猛烈撞毁了停泊在停机坪充电的中国西南航空公司的 B707客机（B-2402），意外造成南航客机上46人死亡，厦门航空客机82人死亡的特大惨剧。
1992年11月24日：南航编号为B-2523的波音737-300客机在执行CZ3943号由广州飞往桂林的航班时，在飞机下降过程中因为右侧发动机自动油门失灵，而飞行员没有及时介入人工操纵导致左右发动机推力不平衡，最后飞机向右滚转，在广西桂林阳朔撞山后粉碎性解体，机上141人全部罹难，当中亦包括香港人，这是中国民航历史上第二最惨痛的事故。也是波音737-300第三次发生坠机事故，更是历来涉及737-300型客机的第二最严重事故，仅次于2003年发生的闪光航空604号班机空难。
1997年5月8日：南航一架波音737-300客机(B-2925) 执行由重庆飞往深圳的CZ3456航班，由于遭遇恶劣的天气和飞行员的不当操作，使其在深圳机场坠毁，造成机上35人死亡，74人受伤。其中9名机组成员2死，6轻伤，以及重伤1人。
2008年3月7日：南方航空CZ6901班机从乌鲁木齐飞往北京的航班，在起飞二小时后机上有人企图骑劫客机，制造空难，被机组人员及时制止，航机及后紧急降落兰州中川机场，全部人无恙。[47]
中国南方航空 - 竞争
南航在中国境内的竞争对手主要为中国国际航空和中国东方航空，这三大航空公司几乎垄断了中国的航空市场。[48]但由于市场重复投入，竞争程度加剧，并直接导致了恶性价格竞争和行业亏损。其竞争不但没有体现出优胜劣汰的原则，反而造成了国有资产的减值。[49]国际市场上， 双边航空协定为国际航线及外国航空公司进入中国市场设置了壁垒，但航空联盟的发展也导致了加入天合联盟的南航与加入星空联盟的国航、上航间接地参与了竞争。
此外，南航还面临来自铁路的竞争。南航约160条国内航线中，约38条与高速铁路直接竞争，比例接近1/4，受高速铁路的冲击也将最严重。[50]2009年12月26日开通的武广客运专线，实际营运最高平均时速311公里/小时，来往于广州及武汉之间仅需时3小时。[51]南航为此高调宣布开通“武广”空中快线，从当年12月17日起，南航每日将有32个航班分别穿梭于广州和武汉、长沙之间，为旅客提供公交式航空服务。这两条空中快线不仅在价格上打折扣，而且在候机、侯检、行李提取上亦作简化，欲与高铁争夺客源。[52]
中国南方航空 - 争议
贪污丑闻2001年8月，南航集团原财务部长陈利明、原副总经理彭安发商定，利用该集团的银行信用贷款，委托证券公司进行有固定回报的投资理财业务。从2001年8月至2005年7月，陈利民利用职务之便，收受贿赂5367万元、贪污公款1200多万元、挪用公款11．9亿元；并伙同彭安发挪用银行信用贷款供个人和朋友使用。案发后，该案成为有史以来广州受贿及挪用公款最大的一起案件。[53]广州市中级人民法院以受贿罪、挪用公款罪两罪并罚，判处陈利明死刑缓期两年执行，并处没收个人全部财产；以国有公司人员失职罪判处彭安发有期徒刑５年。[54]
政策倾斜作为中国三大航空公司之一的中央企业，中国政府一直在资助及补贴中国南方航空，公司的盈利能力很大程度上来自于政策扶持，而不是自身的经营管理。仅靠收取燃油附加费及人民币升值带来的汇兑收益这两项不需要航空公司努力、且几乎没有附加成本的收益，占到公司2010年利润总额的65%[55]。在2009年8月，南航获得国资委15亿元人民币的注资，距离上一次注资30亿元的2008年11月仅间隔不到一年时间。此举引发业界的疑议。有分析家认为，此注资在时机和金额上都存在问题。并认为其做法不公，破坏了现有市场的平衡。当时国内航空业正在回暖，国家没有理由在此时再向航空公司注资。[56]2009年前三季度，政府对南航的补贴达15.66亿元，尽管如此，南航自2003年在国内主板上市以来，仅在2007年没有录得亏损，净利润为18.2亿元，并主要得益于人民币升值带来的汇兑收益的巨额增加。而在2003年度境内报表中虽录得1449万元的盈利，但与其境外的财务报告差异额达37276万元,差异幅度达2572.85%，这个差异曾经在市场引起巨大争议[57]。此外，南航在航线审批、航班时刻申请、飞机引进、资本金注入等直接关系其盈利水平的行政审批事项上，也获得了明显的优势。
截至2009年9月30日，南航总资产925亿元，总负债793亿元，资产负债率达85.73%。信用评级公司惠誉国际曾对南航的财务状况表示担忧，称南航存在高财务杠杆、大量资本性支出承诺、应对高油价和控制成本的能力脆弱等问题。[58]
2009年，南航曾在其网站上推出由广州出发的199元系列特价境外机票，价格甚至低于廉价航空公司亚洲航空当天的同一条航线的票价。该系列特价境外机票涉及东南亚、欧洲、美洲、澳洲、台湾及香港特别行政区，并且往返同价，被部分业者指为低价扰市，几乎伤人又伤己。
然而南航回应指出，其推出的特价机票数量有限，而且必须通过网站预定，旨在刺激淡季市场，推广网站预定渠道。[59]
中国南方航空 - 营运数据
经营数据摘要[60]
年份 收费客公里(百万RPK) 收费吨公里(百万RTK) 载客人次(千) 载货吨数(千) 总收入(百万RMB) 净收入 (百万RMB)
2009 93,002 10,067 66,281 862 54,802 1,440
2008 83,184 9,200 58,237 835 55,288 -6,538
2007 81,727 9,250 56,903 872 54,401 1,575
2006 69,582 8,071 49,206 819 46,219 312
2005 61,923 7,284 44,119 775 38,293 -1,305
2004 37,196 4,663 28,207 545 23,974 90
2003 26,387 3,561 20,470 464 17,470 456
2002 28,940 3,614 21,493 470 15,993 2,026
2001 25,057 3,034 19,121 398 16,880 1,401
2000 21,653 2,613 16,851 353 15,178 1,182
1999 18,685 2,003 15,112 391 13,230 1,850
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